Inici de l'excavació.
Puig i Cadafalch i Gandia. 1908-1936
Tot i que es coneixia l'emplaçament exacte de la ciutat des del segle XV, les excavacions no van començar fins a finals del segle XVIII, però no va ser fins a principis del segle XX quan es van iniciar les primeres investigacions arqueològiques amb un metode amb caràcter científic. Aquestes van començar el 1908 a iniciativa de la Junta de Museus de Barcelona, de la qual formaven part la Diputació Provincial de Barcelona, actual propietària del jaciment, i l'Ajuntament de la ciutat. L'impulsor d'aquest projecte va ser Josep Puig i Cadafalch, encara que els treballs de camp els va dirigir Emili Gandia, que va haver de desenvolupar un mètode arqueològic propi. Sense formació prèvia en Arqueologia, Gandia va escriure detalladament tots els detalls de les seves excavacions, que anotava a mesura que es produïen i després traspassava a net en els seus famosos Diaris, que romandren inèdits tot i haver estat utilitzats en tots els treballs posteriors sobre el jaciment .
Tot i que es coneixia l'emplaçament exacte de la ciutat des del segle XV, les excavacions no van començar fins a finals del segle XVIII, però no va ser fins a principis del segle XX quan es van iniciar les primeres investigacions arqueològiques amb un metode amb caràcter científic. Aquestes van començar el 1908 a iniciativa de la Junta de Museus de Barcelona, de la qual formaven part la Diputació Provincial de Barcelona, actual propietària del jaciment, i l'Ajuntament de la ciutat. L'impulsor d'aquest projecte va ser Josep Puig i Cadafalch, encara que els treballs de camp els va dirigir Emili Gandia, que va haver de desenvolupar un mètode arqueològic propi. Sense formació prèvia en Arqueologia, Gandia va escriure detalladament tots els detalls de les seves excavacions, que anotava a mesura que es produïen i després traspassava a net en els seus famosos Diaris, que romandren inèdits tot i haver estat utilitzats en tots els treballs posteriors sobre el jaciment .
La guerra i represa sota el treball de Martín Almagro. 1936-1965
La Guerra Civil espanyola va frenar en sec les investigacions,no es van reprendre fins el 1939, sota la direcció del professor Martín Almagro Basch, que amb l'ajuda de l'exèrcit va començar la recerca de la ciutat romana. De 1940-1965 es descobreixen trams de la muralla romana, la domus i el fòrum. Es duen a terme publicacions de poca importància, excepte sobre les necròpolis.
La direcció de Ripoll. 1965-1981
A partir de 1965 la direcció va recaure en el prehistoriador Eduard Ripoll (entre 1965 i 1981), alumne de Almagro, el qual, des de 1961-1981 fa cates estratigràfiques a l'àrea del fòrum i zones circumdants. Es excava extramurs per tal de trobar el poblat indígena indiketa. La ciutat grega no es toca i, pel que fa a la romana, només hi ha una instal lació militar romana del segon quart del II aC C.
Reinterpretació dels santuaris i excavació en el fòrum (1982-2008)
A partir de 1981 i fins fa poc el director de l'excavació ha estat Enric Sanmartí, durant les últimes dues dècades gràcies a l'increment dels recursos humans i econòmics s'ha incrementant notablement la informació sobre la ciutat romana i la Neàpolis, en aquest últim cas s'ha aconseguit conèixer gran part de l'evolució d'aquest lloc des del segle V aCActualment la investigació arqueològica del jaciment, que és una de les seus del Museu Arqueològic de Catalunya és desenvolupada per un equip format per Pere Castanyer, Marta Santos, Quim Tremoleda i Xabier Aquilué.
Les peces trobades són principalment gregues, romans i iberes, i es conserven al Museu Arqueològic de Catalunya, en els seus centres d'Empúries (entre la ciutat grega i la romana) i Barcelona. Es tracta fonamentalment d'atuells de ceràmica, mosaics, escultures, sarcòfags, joies i eines.
