Des del segle IX aC, al bronze final, els pobladors indigenes d'aquesta costa de l'Empordà vivien en turons que sobresurtien dels aiguamolls. Un d'aquests poblats es trobava a la peninsula on avui es troba Sant Martí D'Empúries.
El segle VII aC, aques poblat ja mantenia contactes comercials amb els etruscs, fenicis i grecs i cap el 580 aC, els comerciants grecs de Focea procedents de Massàlia van fundar Empúries sobre el turó de Sant Martí (Paleàpolis) i cap a la meitat del segle VI aC es van estendre a terra ferma(Neàpolis). Al principi depenien de Massàlia, però cap al 500 aC ja se n'havien independitzat.
La ciutat envoltada per una muralla i amb una altre d`interior que separava les zones grega i indiqueta es desenvolupà gràcies a una activitat comercial que abastava tota la costa mediterrania.
L'any 218, durant la Segona guerra púnica hi va desembarcar un exèrcit Romà comandat per Gneu Corneli Escipió amb l'objectiu de tallar l'arribada de reforços cartaginesos D'Anníbal amb aquest fet s'inicià la conquesta de Roma a la península Ibèrica.
El 197 aC durant La gran revolta indigena, els Indigets es van mantenir neutrals el mateix any Marc Porci Cató hi va instalar un campament i en va fer el seu centre per combatir la resistencia iberica a la peninsula i als seus voltants s'hi va produir la Batalla D'Emporion. El campament va ser tranformat en una ciutat romana als inicis del segle I aC. A l'epoca de l'emperador August les ciutats grega i romana es van unir sota el nom de Municipium Emporiae a mesura que anaven prenen importancia altres ciutats com Barcino(Barcelona) o Tarraco(Tarragona) Empúries n'anava perdent.
A la segona meitat del segle III tant la Neàpolis com la ciutat romana van ser abandonades llavors la població es concentra en Sant Martí D'Empúries, la Neapolis va ser utilitzada com a cementiri.
